《火焰纹章:圣魔光石》由众多回合制式的策略战役、独特的游戏角色和精心制作的游戏情节组成。角色的生死由你掌控。该游戏采用了很多前作中的内容,但是游戏背景设定为新的Magvel大陆。游戏的主人公是侠义的王室兄妹Ephraim和Eirika。
当古拉德王国对自己的盟国鲁内斯发动猛攻并占领之后,伊弗列姆和艾瑞珂是为数不多的幸存者,于是他们肩负起调查古拉德背叛的源头与平息大陆动的重任。体质贫弱的皇子里昂从小就对自己的玩伴,武艺高强的王子伊弗列姆充满了憧憬,在矛盾中,他使用了封印着魔王灵魂的圣石,却被魔王所利用。最后利昂以自己的意识挡在了主角一行面前,激战后确认了朋友的强大,带着悲剧色彩的利昂在友人的怀抱中带着安然的离去。
《圣魔之光石》的主题毫无疑问是友情,到了后期与利昂的几场战斗,这一主题开始明朗化,一段段剧情说明了主角二人和利昂之间深厚的情感。直到结局,那一段利昂的独白更是将“友情”这一游戏主题推向了高潮。